我们的身体必须能够将来自于外在环境及自己体内所产生出来的毒素加以清除或中和，这个步骤主要是发生在肝脏，并分成两个阶段来进行。
在第一个阶段毒素被活化，这是指毒素被改变型式已使得第二阶段的载运分子能将它们运出体外。第一阶段好比是垃圾收集车，如此可方便第二阶段的清洁队员将之拾起并带走。第一阶段的工作是由一群称为「Cytochrome P450」的酵素家族所完成，而第二阶段则随着一些重要解毒物质的结合机转发生。
功能医学肝脏代谢检查就是，我们藉着刺激物质咖啡因、醋胺酚(acetaminophen)及阿斯匹灵（aspirin）来测定其中的四个主要机转。第一及第二阶段的解毒功能都必须正常运作，这样毒素才能被中和。而且两阶段的功能必需相互平衡，这样来自于第一阶段被活化的物质才能被运出体外，而不会在体内累积并造成伤害。
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